已經海關登記備案的加工貿易合同，其品名、規(guī)格、金額、數量、加：工期限、單耗、商品編碼等發(fā)生變化的，須向主管海關辦理合同備案變更手續(xù)，開設臺賬的合同還須變更臺賬。
合同變更應在合同有效期內報原商務審批部門批準。為簡化合同變更手續(xù)，對貿易性質不變、商品品種不變，合同變更的金額小于l萬美元(含1萬美元)和合同延長不超過3個月的合同，企業(yè)可直接到海關和銀行辦理變更手續(xù)，不需再經商務主管部門重新審批。
1萬美元及以下的備案合同，變更后進口金額超過1萬美元的，適用AA類、A類、B類管理的企業(yè)，需重新開設臺賬的，應重新開設臺賬；東部地區(qū)適用B類管理的企業(yè)的合同金額變更后，進口料件如果涉及限制類商品的，由銀行按海關計算的金額加收相應的保證金。
因企業(yè)管理類別調整，合同從“空轉”轉為“實轉”的，應對原備案合同交付臺賬保證金。經海關批準，可只對原合同未履行出口部分收取臺賬保證金。
管理類別調整為D類的企業(yè)，經海關批準，對已備案合同允許交付全額臺賬保證金后繼續(xù)執(zhí)行，但合同不得再變更和延期。
對允許類商品轉為限制類商品的，已備案合同不再交付臺賬保證金。對原限制類或允許類商品轉為禁止類的，對已備案合同按國家即時發(fā)布的規(guī)定辦理。