企業(yè)辦理加工貿(mào)易合同備案前需要報商務主管部門審批合同，領取“加工貿(mào)易業(yè)務批準證”和“加工貿(mào)易企業(yè)經(jīng)營狀況和生產(chǎn)能力證明”；需要領取其他許可證件的還要向有關主管部門申領許可證件。然后進入海關合同備案的程序，其步驟為：
(1)將合同相關內(nèi)容預錄入與主管海關聯(lián)網(wǎng)的計算機。
(2)由海關審核確定是否準予備案。準予備案的，由海關確定是否需要開設加工貿(mào)易銀行保證金臺賬。
(3)需辦理開設臺賬手續(xù)的，應向銀行(中國銀行、工商銀行)辦理臺賬保證金專用賬戶設立手續(xù)。已設立臺賬保證金專用賬戶的企業(yè)，憑“海關注冊登記證明”向銀行進行一次性備案登記。
銀行與海關目前采用臺賬電子化聯(lián)網(wǎng)管理模式。企業(yè)在預錄入端收到回執(zhí)后，直接憑銀行簽發(fā)的電子“銀行保證金臺賬登記通知單”向海關辦理加工貿(mào)易備案手續(xù)，無須再往返于海關與銀行之間傳遞單證，有關單證的電子數(shù)據(jù)均實現(xiàn)網(wǎng)上傳輸。
(4)不需要開設臺賬的，直接向海關領取加工貿(mào)易手冊或其他備案憑證。