中華人民共和國(guó)國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局組建于1998年3月，系根據(jù)國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案，由原國(guó)家進(jìn)出口商品檢驗(yàn)局、原農(nóng)業(yè)部動(dòng)植 物檢疫局和原衛(wèi)生部衛(wèi)生檢疫局合并組建而成，為副部級(jí)政府部門。2001年4月經(jīng)國(guó)務(wù)院決定國(guó)家質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局與國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局合并，組建中華人民共和國(guó)國(guó)家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局（正部級(jí)，簡(jiǎn)稱國(guó)家質(zhì)檢總局）。 但出入境檢驗(yàn)檢疫局作為相對(duì)獨(dú)立的機(jī)構(gòu)其職能并沒有改變。
出入境檢驗(yàn)檢疫局是主管出入境衛(wèi)生檢疫、動(dòng)植物檢疫、商品檢驗(yàn)、鑒定、認(rèn)證和監(jiān)督管理的行政執(zhí)法機(jī)構(gòu)，主要職責(zé)是：
（一）研究擬定有關(guān)出入境衛(wèi)生檢疫、動(dòng)植物檢疫及進(jìn)出口商品 檢驗(yàn)法律、法規(guī)和政策規(guī)定的實(shí)施細(xì)則、辦法及工作規(guī)程，督促檢查 出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)貫徹執(zhí)行。
（二）組織實(shí)施出入境檢驗(yàn)檢疫、鑒定和監(jiān)督管理；負(fù)責(zé)國(guó)家實(shí) 行進(jìn)口許可制度的民用商品入境驗(yàn)證管理；組織進(jìn)出口商品檢驗(yàn)檢疫 的前期監(jiān)督和后續(xù)管理。
（三）組織實(shí)施出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測(cè)和衛(wèi)生監(jiān)督；組織 實(shí)施出入境動(dòng)植物檢疫和監(jiān)督管理；負(fù)責(zé)進(jìn)出口食品衛(wèi)生、質(zhì)量的檢 驗(yàn)、監(jiān)督和管理工作。
（四）組織實(shí)施進(jìn)出口商品法定檢驗(yàn)；組織管理進(jìn)出口商品鑒定 和外商投資財(cái)產(chǎn)鑒定；審查批準(zhǔn)法定檢驗(yàn)商品的免驗(yàn)和組織辦理復(fù)驗(yàn)。
（五）組織對(duì)進(jìn)出口食品及其生產(chǎn)單位的衛(wèi)生注冊(cè)登記及對(duì)外注 冊(cè)管理；管理出入境檢驗(yàn)檢疫標(biāo)志、進(jìn)口安全質(zhì)量許可、出口質(zhì)量許 可并負(fù)責(zé)監(jiān)督檢查；管理和組織實(shí)施與進(jìn)出口有關(guān)的質(zhì)量認(rèn)證認(rèn)可工 作。
（六）負(fù)責(zé)涉外檢驗(yàn)檢疫和鑒定機(jī)構(gòu)（含中外合資、合作的檢驗(yàn)、 鑒定機(jī)構(gòu)）的審核認(rèn)可并依法進(jìn)行監(jiān)督。
（七）負(fù)責(zé)商品普惠制原產(chǎn)地證和一般原產(chǎn)地證的簽證管理。
（八）負(fù)責(zé)管理出入境檢驗(yàn)檢疫業(yè)務(wù)的統(tǒng)計(jì)工作和國(guó)外疫情的收 集和分析，提供信息指導(dǎo)和咨詢。
（九）擬定出入境檢驗(yàn)檢疫科技發(fā)展規(guī)劃；組織有關(guān)科研和技術(shù) 引進(jìn)工作；收集和提供檢驗(yàn)檢疫技術(shù)情報(bào)。
（十）垂直管理出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)。
（十一）開展有關(guān)出入境檢驗(yàn)檢疫方面的國(guó)際合作與技術(shù)交流， 按規(guī)定承擔(dān)技術(shù)性貿(mào)易壁壘和檢疫協(xié)議的實(shí)施工作，執(zhí)行有關(guān)協(xié)議。
（十二）承辦國(guó)務(wù)院及海關(guān)總署交辦的其他事項(xiàng)。